A la hora de realizar un estudio arqueomalacológico es importante el proceso de recogida de muestras, ya que normalmente éstas son tomadas de depósitos en proceso de excavación y por lo tanto de desaparición, por lo que no es posible en muchas ocasiones volver al depósito a muestrear. Para realizar el estudio de un conchero lo recomendable sería procesarlo en su totalidad, pero en el caso de depósitos de grandes dimensiones esta tarea se convertiría en muy costosa, siendo desproporcionado el esfuerzo invertido y los datos obtenidos. Sin embargo, cuando nos encontramos ante depósitos de pequeñas dimensiones, sí es recomendable su recogida total, ya que el esfuerzo invertido se va a ver recompensado con los resultados obtenidos.
En la muestra de la totalidad del sedimento no se debería de recoger todo el depósito de forma aleatoria y masiva, sino que sería recomendable realizar una recogida por estratos (naturales si existieran y si no fuera así artificales de 5 cm.), ya que podemos percibir diferentes fases de formación que nos aporten información sobre diferentes aspectos del marisqueo. En el caso de no constatar variaciones los datos de los diferentes estratos artificiales se agregarían.
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