La muestra selectiva fue una de las primeras técnicas de muestreo utilizadas en el análisis de los concheros, perviviendo actualmente en muchos casos como único tipo de muestreo empleado.
Mediante este procedimiento se tiende a recoger aquellas cochas más grandes, más resistentes y mejor conservadas o más llamativas. Este tipo de muestreo tiene el problema de que los pequeños fragmentos o las especies de pequeño tamaño no son recogidas. La representatividad de estas muestras respecto al conjunto del depósito es nula, ya que tiende a sobrevalorar todas aquellas especies menos fracturadas o más llamativas, infravalorando o ignorando al resto de especies. Pese a esto, puede ser útil a la hora de recuperar en el proceso de excavación individuos aislados que complementen la información obtenida del muestreo.
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